支持向量机分类基于atom的hERG负债类型。

文章的细节

引用

复制到剪贴板

贾L,太阳H

支持向量机分类基于atom的hERG负债类型。

Bioorg医疗化学。2008年6月1;16 (11):6252 - 60。doi: 10.1016 / j.bmc.2008.04.028。Epub 2008年4月16日。

PubMed ID

18448342 (在PubMed

]

文摘

药物引起长QT综合征(LQTS)可能导致重要的心血管副作用,占几个药物撤出市场。封锁的钾离子通道由人类ether-a-go-go-related编码基因(hERG)已被确定为药物引起LQTS的主要因素。实验测量的hERG活动对于每个化合物的开发是昂贵和耗时的,因此它有利于发展预测hERG模型。在这里,我们提出一个hERG分类模型制定使用支持向量机(SVM)作为机器学习方法和使用原子类型的分子描述符。本研究中使用的训练集是由977年企业与hERG活动化合物在相同条件下测量。软边缘的影响和核函数支持向量机模型的性能进行了测试。SVM的鲁棒性是评估通过比较模型的预测能力为90%,50%,和10%的训练集数据。最后的SVM模型能够正确分类94%的外部测试设置包含66药物分子。最重要的原子类型对歧视的权力进行了提取和分析。

DrugBank数据引用了这篇文章

绑定属性

药物	目标	财产	测量	pH值	温度(°C)
胺碘酮	HERG人类心脏K +通道	集成电路50 (nM)	10000年	N /一个	N /一个	细节
阿司咪唑	电压门控钾通道亚科2 H成员	集成电路50 (nM)	10	N /一个	N /一个	细节
Azimilide	电压门控钾通道亚科2 H成员	集成电路50 (nM)	1412.54	N /一个	N /一个	细节
Bepridil	电压门控钾通道亚科2 H成员	集成电路50 (nM)	549.54	N /一个	N /一个	细节
卡维地洛	电压门控钾通道亚科2 H成员	集成电路50 (nM)	10471.29	N /一个	N /一个	细节
氯丙嗪	电压门控钾通道亚科2 H成员	集成电路50 (nM)	1479.11	N /一个	N /一个	细节
Cisapride	电压门控钾通道亚科2 H成员	集成电路50 (nM)	39.81	N /一个	N /一个	细节
克拉霉素	电压门控钾通道亚科2 H成员	集成电路50 (nM)	58884.37	N /一个	N /一个	细节
丙吡胺	电压门控钾通道亚科2 H成员	集成电路50 (nM)	91201.08	N /一个	N /一个	细节
Dofetilide	电压门控钾通道亚科2 H成员	集成电路50 (nM)	10	N /一个	N /一个	细节
氟卡尼	电压门控钾通道亚科2 H成员	集成电路50 (nM)	3890.45	N /一个	N /一个	细节
氟西汀	电压门控钾通道亚科2 H成员	集成电路50 (nM)	1513.56	N /一个	N /一个	细节
Halofantrine	电压门控钾通道亚科2 H成员	集成电路50 (nM)	200年	N /一个	N /一个	细节
Ibutilide	电压门控钾通道亚科2 H成员	集成电路50 (nM)	10	N /一个	N /一个	细节
丙咪嗪	电压门控钾通道亚科2 H成员	集成电路50 (nM)	3388.44	N /一个	N /一个	细节
氯雷他定	电压门控钾通道亚科2 H成员	集成电路50 (nM)	169.82	N /一个	N /一个	细节
Perhexiline	电压门控钾通道亚科2 H成员	集成电路50 (nM)	7762.47	N /一个	N /一个	细节
号使用	电压门控钾通道亚科2 H成员	集成电路50 (nM)	50.12	N /一个	N /一个	细节
Sertindole	电压门控钾通道亚科2 H成员	集成电路50 (nM)	10	N /一个	N /一个	细节
Terfenadine	电压门控钾通道亚科2 H成员	集成电路50 (nM)	200年	N /一个	N /一个	细节
甲硫哒嗪	电压门控钾通道亚科2 H成员	集成电路50 (nM)	363.08	N /一个	N /一个	细节