Lys-N和胰蛋白酶覆盖磷酸蛋白组的互补部分在一个细化的基于scx的方法。

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高奇S，赫尔比格AO，斯莱珀M，克里格斯维尔德J，赫克AJ，穆罕默德S

Lys-N和胰蛋白酶覆盖磷酸蛋白组的互补部分在一个细化的基于scx的方法。

《肛肠化学》2009年6月1日;81(11):4493-501。doi: 10.1021 / ac9004309。

PubMed ID

19413330 (PubMed视图

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摘要

由于蛋白质磷酸化网络的巨大复杂性，蛋白质组范围内磷酸化事件的分析仍然是一个主要的分析挑战。在这项工作中，我们评估了Lys-N, Lys-C和胰蛋白酶的互补性，因为它们能够对磷蛋白组的全局分析做出贡献。一种精制版本的低ph强阳离子交换被用于有效分离n端乙酰化，磷酸化，和非修饰肽。使用这三种酶的组合，从1毫克蛋白质中共鉴定出5036个非冗余磷酸肽，错误发现率<1%。我们的数据显示，用不同蛋白酶生成的磷酸肽数据集之间的重叠是边缘的，而两个相似生成的胰蛋白酶数据集之间的重叠至少高出4倍。通过这种方式，与单独使用胰蛋白酶相比，Lys-N和胰蛋白酶的平行使用使检测到的磷酸肽数量增加了72%，而胰蛋白酶复制实验仅增加了25%。因此，当仅关注胰蛋白酶和Lys-N数据时，我们识别出4671个非冗余磷酸肽。对检测位点的进一步分析表明，Lys-N和胰蛋白酶数据集具有显著不同的磷酸化基序，进一步证明多蛋白酶方法在磷蛋白组分析中非常有价值。

引用本文的药物库数据

多肽

的名字	UniProt ID
糖原磷酸化酶，肝脏形态	P06737	细节
第三类酒精脱氢酶	P11766	细节
酪氨酸蛋白激酶ABL1	P00519	细节
苯丙氨酸-tRNA连接酶α亚基	Q9Y285	细节
丝氨酸-tRNA连接酶，细胞质	P49591	细节
丙酮酸激酶PKM	P14618	细节
腺嘌呤phosphoribosyltransferase	P07741	细节
-氨基己二半醛脱氢酶	P49419	细节
DNA连接酶3	P49916	细节
单羧酸转运蛋白8	P36021	细节
谷胱甘肽合成酶	P48637	细节
双功能谷氨酸/脯氨酸-tRNA连接酶	P07814	细节
赖氨酸- tRNA连接酶	Q15046	细节
DNA连接酶1	P18858	细节
吡咯啉-5-羧酸还原酶1，线粒体	P32322	细节
酪氨酸-tRNA连接酶，细胞质	P54577	细节
中性氨基酸转运蛋白B(0)	Q15758	细节
嘌呤核苷磷酸化酶	P00491	细节
4-trimethylaminobutyraldehyde脱氢酶	P49189	细节
丙氨酸-tRNA连接酶，细胞质	P49588	细节
山梨糖醇脱氢酶	Q00796	细节
亚精胺合成酶	P19623	细节
GMP合成酶[谷氨酰胺水解]	P49915	细节
胱硫醚beta-synthase	P35520	细节
乙酰辅酶A合成酶，细胞质	Q9NR19	细节
NADH脱氢酶[泛醌]1 β亚复合物亚基6	O95139	细节
依赖维生素k的-羧化酶	P38435	细节
钙调蛋白	P0DP23	细节
乳酸脱氢酶A链	P00338	细节
Abelson酪氨酸蛋白激酶2	P42684	细节
异亮氨酸——tRNA连接酶，细胞质	P41252	细节
支链氨基酸转氨酶，细胞质	P54687	细节
Dihydropteridine还原酶	P09417	细节
Glyceraldehyde-3-phosphate脱氢酶	P04406	细节
蛋氨酸-tRNA连接酶，细胞质	P56192	细节
NADH脱氢酶[泛醌]1 α亚复合体亚基2	O43678	细节
丙酮酸脱氢酶E1组成亚单位α，体细胞，线粒体	P08559	细节
血红素加氧酶2	P30519	细节
磷酸丝氨酸转氨酶	Q9Y617	细节
依赖nadp的苹果酶	P48163	细节
胆碱-磷酸胞基转移酶A	P49585	细节
c -1-四氢叶酸合酶，细胞质	P11586	细节
ADP/ATP转位酶3	P12236	细节
乙酰辅酶a羧化酶	Q13085	细节
干扰素α / β受体	P17181	细节
单羧酸转运蛋白1	P53985	细节
ADP/ATP转位酶2	P05141	细节
DNA聚合酶亚基B	Q14181	细节
肌苷-5'-单磷酸脱氢酶2	P12268	细节
天门冬氨酸-tRNA连接酶，细胞质	P14868	细节
吡咯-5-羧酸还原酶2	Q96C36	细节
钠钾转运atp酶亚基α -1	P05023	细节
组氨酸-tRNA连接酶，细胞质	P12081	细节
胆绿素还原酶A	P53004	细节
DNA拓扑异构酶2- α	P11388	细节
醛糖还原酶	P15121	细节
腺苷三磷酸酶ASNA1	O43681	细节
N(G)，N(G)-二甲基精氨酸二甲胺水解酶	O94760	细节
表皮生长因子受体	P00533	细节
5'- amp激活蛋白激酶亚基β -2	O43741	细节
法尼基焦磷酸合成酶	P14324	细节
多药耐药相关蛋白1	P33527	细节
谷胱甘肽s -转移酶-1	P78417	细节
Perilipin-3	O60664	细节
CTP合成酶1	P17812	细节
三功能嘌呤生物合成蛋白腺苷-3	P22102	细节
周期蛋白依赖样激酶5	Q00535	细节
DNA(胞嘧啶-5)甲基转移酶1	P26358	细节
Calpastatin	P20810	细节
丝裂原活化蛋白激酶1	P28482	细节
真核翻译起始因子4E	P06730	细节
脂肪酸合成酶	P49327	细节
Lactoylglutathione裂合酶	Q04760	细节
精胺合成酶	P52788	细节
DNA拓扑异构酶	P11387	细节
肽酰脯氨酸顺反异构酶A	P62937	细节
转录因子AP-1	P05412	细节
丝裂原活化蛋白激酶3	P27361	细节
酪氨酸蛋白磷酸酶非受体11型	Q06124	细节
鸟嘌呤核苷酸结合蛋白G(I)/G(S)/G(O)亚单位γ -2	P59768	细节
Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase	P11413	细节
Hexokinase-1	P19367	细节
热休克蛋白hsp90 - α	P07900	细节
蛋白激酶C α型	P17252	细节
核因子κ b激酶亚单位β抑制剂	O14920	细节
Caspase-3	P42574	细节
微管相关蛋白1A	P78559	细节
14-3-3蛋白质zeta/delta	P63104	细节
Glucose-6-phosphate异构酶	P06744	细节
m7GpppX diphosphatase	Q96C86	细节
Thymidylate激酶	P23919	细节
双功能嘌呤生物合成蛋白PURH	P31939	细节
乙酰辅酶a乙酰转移酶，胞质	Q9BWD1	细节
酪氨酸蛋白激酶	P41240	细节
微管蛋白α - 1c链	Q9BQE3	细节
尿苷胞苷激酶2	Q9BZX2	细节
蛋氨酸氨基肽酶2	P50579	细节
Uroporphyrinogen脱羧酶	P06132	细节
二磷酸果糖醛缩酶A	P04075	细节
烟酰胺/烟酸单核苷酸腺苷基转移酶	Q9HAN9	细节
Caspase-7	P55210	细节
Peroxiredoxin-2	P32119	细节
硫氧还蛋白还原酶1，细胞质	Q16881	细节
脂肪酸结合蛋白，表皮	Q01469	细节
Retinoblastoma-associated蛋白质	P06400	细节
糖原磷酸化酶，大脑形成	P11216	细节
o -磷酸基- trna (Sec)硒转移酶	Q9HD40	细节
甲基丙二酸尿和同型半胱氨酸尿C型蛋白	Q9Y4U1	细节
周期蛋白依赖性激酶4	P11802	细节
Egl九同源物1	Q9GZT9	细节
多功能蛋白ADE2	P22234	细节
CAD蛋白质	P27708	细节
Isoaspartyl肽酶/ L-asparaginase	Q7L266	细节
Phosphoribosylformylglycinamidine合酶	O15067	细节
谷氨酰胺合成酶	P15104	细节
谷氨酰胺,tRNA连接酶	P47897	细节
Glutaredoxin-1	P35754	细节
2型蛋白酶体亚基	P49721	细节
鸟苷激酶	Q16774	细节
组蛋白去乙酰化酶	Q13547	细节
组蛋白脱乙酰酶2	Q92769	细节
蛋白法尼基转移酶/香叶基香叶基转移酶1型亚基α	P49354	细节
蛋白激酶C型	Q05655	细节
DNA拓扑异构酶2- β	Q02880	细节
二磷酸核糖核苷还原酶M2亚基	P31350	细节
Ephrin b型受体4	P54760	细节
E3泛素蛋白连接酶UBR4	Q5T4S7	细节
nadd依赖蛋白去乙酰化酶sirtuin-1	Q96EB6	细节
电压依赖性阴离子选择通道蛋白1	P21796	细节
电压依赖性阴离子选择通道蛋白2	P45880	细节
电压依赖性阴离子选择通道蛋白3	Q9Y277	细节
前列腺素E合成酶3	Q15185	细节
缺氧诱导因子1- α抑制剂	Q9NWT6	细节
U1小核核糖核蛋白A	P09012	细节
atp依赖性Clp蛋白酶的蛋白水解亚基，线粒体	Q16740	细节
羰基还原酶	P16152	细节
局灶粘附激酶1	Q05397	细节
核苷二磷酸激酶A	P15531	细节
丝氨酸/苏氨酸-蛋白磷酸酶	P53041	细节
甘露糖4,6脱水酶	O60547	细节
核苷二磷酸激酶B	P22392	细节
Calpain-1催化亚基	P07384	细节
细胞肿瘤抗原p53	P04637	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶	O14757	细节
bcl -2样蛋白2	Q92843	细节
远上游元件结合蛋白1	Q96AE4	细节
camp依赖性蛋白激酶ii型α调节亚基	P13861	细节
camp依赖性蛋白激酶i型α调节亚基	P10644	细节
丝裂原活化蛋白激酶1	Q13233	细节
信号换能器和转录激活子3	P40763	细节
微管相关蛋白4	P27816	细节
酪蛋白激酶I异构体	P49674	细节
热休克因子蛋白1	Q00613	细节
组蛋白脱乙酰酶7	Q8WUI4	细节
腺苷酸激酶	P55263	细节
Nischarin	Q9Y2I1	细节
DNA聚合酶4亚基	Q9NR33	细节
DNA聚合酶3亚基	Q9NRF9	细节
不依赖阳离子的甘露糖-6-磷酸受体	P11717	细节
核受体共激活因子1	Q15788	细节
核受体共激活剂2	Q15596	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶2A 65 kDa调节亚基A α亚型	P30153	细节
Uracil-DNA糖基化酶	P13051	细节
热休克同源蛋白71 kDa	P11142	细节
双特异性蛋白激酶TTK	P33981	细节
内着丝粒蛋白	Q9NQS7	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶2A 55 kDa调节亚基B α亚型	P63151	细节
adp核糖化因子1	P84077	细节
60S核糖体蛋白L13a	P40429	细节
nhp2样蛋白1	P55769	细节
Triosephosphate异构酶	P60174	细节
Myosin-14	Q7Z406	细节
蛋白酶体亚单位α -2型	P25787	细节
蛋白酶体亚单位α -3型	P25788	细节
蛋白酶体亚单位α -5型	P28066	细节
蛋白酶体亚单位β -3型	P49720	细节
钙/钙调素依赖性蛋白激酶IV型	Q16566	细节
核受体共激活因子5	Q9HCD5	细节
MAP激酶活化蛋白激酶3	Q16644	细节
羟甲基戊二酰辅酶a合成酶，细胞质	Q01581	细节
香叶基香叶基转移酶2型亚基β	P53611	细节
周期蛋白依赖性激酶	Q00536	细节
血小板活化因子乙酰水解酶IB亚基γ	Q15102	细节
钙/钙调素依赖性蛋白激酶II型亚单位delta	Q13557	细节
蛋氨酸氨基肽酶1	P53582	细节
Profilin-1	P07737	细节
钙蛋白酶小亚基1	P04632	细节
膜联蛋白A5	P08758	细节
MKL/心肌素样蛋白1	Q969V6	细节
Destrin	P60981	细节
Cofilin-1	P23528	细节
肌动蛋白相关蛋白3	P61158	细节
延伸系数2	P13639	细节
SRSF蛋白激酶2	P78362	细节
Afadin	P55196	细节
酒精脱氢酶	P14550	细节
CREB-binding蛋白质	Q92793	细节
酰基辅酶A硫酯酶	Q9NPJ3	细节
RNA聚合酶II转录亚基1的中介物	Q15648	细节
母亲反对十肢瘫痪同源物2	Q15796	细节
蛋白质精氨酸n -甲基转移酶	O60678	细节
波形蛋白	P08670	细节
尿苷5'-单磷酸合成酶	P11172	细节
Acyl-CoA-binding蛋白质	P07108	细节
腺苷酸激酶2，线粒体	P54819	细节
Myosin-11	P35749	细节
camp依赖性蛋白激酶ii型β调节亚基	P31323	细节
Glycogenin-1	P46976	细节
t复合蛋白1亚基	P49368	细节
gtp结合核蛋白Ran	P62826	细节
14-3-3蛋白质	P62258	细节
过渡内质网atp酶	P55072	细节
泛素样修饰物激活酶1	P22314	细节
排序nexin-3	O60493	细节
SWI/ snf相关基质相关肌动蛋白依赖调控因子染色质亚家族A成员	O60264	细节
磷酸丝氨酸磷酸酶	P78330	细节
谱蛋白链，非红细胞性1	Q01082	细节
剪接RNA解旋酶DDX39B	Q13838	细节
硒代半胱氨酸裂合酶	Q96I15	细节
瞬态受体电位阳离子通道亚家族M成员7	Q96QT4	细节
肝细胞生长因子调节的酪氨酸激酶底物	O14964	细节
原癌基因蛋白	P01106	细节
平衡核苷转运体2	Q14542	细节
叶酸转运体	P41440	细节
双特异性丝裂原活化蛋白激酶激酶2	P36507	细节
LIM结构域激酶1	P53667	细节
rala结合蛋白1	Q15311	细节
Metallothionein-2	P02795	细节
膜相关孕酮受体成分1	O00264	细节
5'- amp激活蛋白激酶亚单位-2	Q9UGJ0	细节
循环amp依赖转录因子ATF-2	P15336	细节
肌动蛋白，细胞质1	P60709	细节
肌动蛋白，细胞质2	P63261	细节
钠依赖性磷酸盐转运体1	Q8WUM9	细节
组蛋白H1.4	P10412	细节
氯离子胞内通道蛋白1	O00299	细节
CCAAT/增强子结合蛋白	P17676	细节
丝裂原活化蛋白激酶激酶MLT	Q9NYL2	细节
二氢嘧啶酶相关蛋白2	Q16555	细节
核仁和盘状体磷蛋白1	Q14978	细节
蛋白质O-GlcNAcase	O60502	细节
钠依赖性磷酸盐转运体2	Q08357	细节
Metallothionein-1X	P80297	细节
Calmodulin-2	P0DP24	细节
Calmodulin-3	P0DP25	细节
异质核核糖核蛋白A2/B1	P22626	细节
异质核核糖核蛋白H	P31943	细节
剪接因子，富含脯氨酸和谷氨酰胺	P23246	细节
活化蛋白C激酶受体	P63244	细节
Stress-induced-phosphoprotein 1	P31948	细节
肝癌源性生长因子	P51858	细节
ran特异性gtp酶激活蛋白	P43487	细节
Cystatin-B	P04080	细节
杭丁顿蛋白	P42858	细节
cap特异性mRNA(核苷-2'- o -)甲基转移酶	Q8N1G2	细节
RuvB-like 2	Q9Y230	细节
ATP合酶亚基g，线粒体	O75964	细节
异质核核糖核蛋白F	P52597	细节
异质核核糖核蛋白K	P61978	细节
热休克蛋白105 kDa	Q92598	细节
核迁移蛋白	Q9Y266	细节
26S蛋白酶调节亚基6A	P17980	细节
剪接因子3A亚基3	Q12874	细节
肿瘤蛋白D54	O43399	细节
原肌凝蛋白-4链	P67936	细节
Desmoplakin	P15924	细节
KAT8调节NSL复合物亚基3	Q9P2N6	细节
远上游元件结合蛋白2	Q92945	细节
Filamin-A	P21333	细节
异质核核糖核蛋白D0	Q14103	细节
Nucleophosmin	P06748	细节
60S核糖体蛋白L4	P36578	细节
40S核糖体蛋白S18	P62269	细节
40S核糖体蛋白S5	P46782	细节
40S核糖体蛋白S8	P62241	细节
拼接因子1	Q15637	细节
Transgelin-2	P37802	细节
Zyxin	Q15942	细节
生存运动神经元蛋白	B4DP61	细节
Myosin-9	P35579	细节
剪接因子3B亚基1	O75533	细节
丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶3	Q13188	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶33	Q9BYT3	细节
STE20/ sps1相关富脯氨酸-丙氨酸蛋白激酶	Q9UEW8	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶TAO1	Q7L7X3	细节
2 .丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶	Q86UE8	细节
TRAF2和nck相互作用蛋白激酶	Q9UKE5	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶ULK1	O75385	细节
ap2相关蛋白激酶1	Q2M2I8	细节
bmp -2诱导蛋白激酶	Q9NSY1	细节
香橼铑相互作用激酶	O14578	细节
酪蛋白激酶I亚型	P48729	细节
Cyclin-G-associated激酶	O14976	细节
糖原合成酶激酶3	P49840	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶LATS1	O95835	细节
双特异性丝裂原活化蛋白激酶激酶3	P46734	细节
丝裂原活化蛋白激酶激酶4	Q9Y6R4	细节
MAP激酶活化蛋白激酶	Q8IW41	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶MARK2	Q7KZI7	细节
MAP/微管亲和调节激酶	P27448	细节
clip -相关蛋白1	Q7Z460	细节
巨核细胞相关酪氨酸蛋白激酶	P42679	细节
畸形激酶1	Q8N4C8	细节
肌球蛋白轻链激酶，平滑肌	Q15746	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶OSR1	O95747	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶PAK 1	Q13153	细节
磷脂酰肌醇5-磷酸4-激酶2型γ	Q8TBX8	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶N1	Q16512	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶N2	Q16513	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶D1	Q15139	细节
丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶PRP4同源物	Q13523	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶RIO1	Q9BRS2	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶RIO2	Q9BVS4	细节
snf相关丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶	Q9NRH2	细节
丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶10	O94804	细节
组蛋白赖氨酸n -甲基转移酶EZH2	Q15910	细节
POU结构域，2类转录因子1	P14859	细节
nadd依赖蛋白去乙酰化酶sirtuin-2	Q8IXJ6	细节
肌营养不良蛋白	P11532	细节
锌转运蛋白ZIP6	Q13433	细节
v型质子atp酶亚基e1	P36543	细节
受体蛋白酪氨酸激酶	Q504U8	细节
戊烯基转移酶结构域含蛋白1	Q9Y5Z9	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶ATR	Q13535	细节
真核翻译起始因子4e结合蛋白1	Q13541	细节
赖氨酸特异性组蛋白去甲基酶1A	O60341	细节
增殖标志蛋白Ki-67	P46013	细节
组蛋白乙酰转移酶p300	Q09472	细节
双特异性丝裂原活化蛋白激酶激酶4	P45985	细节
双特异性丝裂原活化蛋白激酶7	O14733	细节
凋亡调节剂BAX	Q07812	细节