人类胚胎干细胞分化的蛋白质组和磷蛋白质组的全系统时间特征。

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Rigbolt KT, Prokhorova TA, Akimov V, Henningsen J, Johansen PT, Kratchmarova I, Kassem M, Mann M, Olsen JV, Blagoev B

人类胚胎干细胞分化的蛋白质组和磷蛋白质组的全系统时间特征。

科学信号。2011年3月15日;4(164):rs3。doi: 10.1126 / scisignal.2001570。

PubMed ID

21406692 (在PubMed

］

摘要

为了阐明人类胚胎干细胞(hESCs)多能性的细胞事件，我们对hESCs进行了平行定量蛋白质组学和磷蛋白质组学分析，在分化过程中，由双酰基甘油类似物启动或转移到未受喂养细胞调节的培养基。我们分析了6521种蛋白质和23522个磷酸化位点，其中近50%的蛋白在分化24小时内磷酸化状态发生了动态变化。这些数据是研究hESC多能性维持相关事件和伴随其分化的事件的资源。从这些数据中，我们确定了一个核心hESC磷蛋白组的位点，对两种不同的处理有类似的稳健变化。这些位点表现出独特的动态磷酸化模式，这些模式与已知或预测的激酶相关联，基于匹配序列基序。除了识别之前未知的与分化相关的因子磷酸化位点，如激酶和转录因子，我们还观察到DNA甲基转移酶(DNMTs)的动态磷酸化。我们发现，在早期分化过程中，DNMTs与PAF1(聚合酶相关因子1)转录延伸复合体存在特定的相互作用，该复合体与编码OCT4和NANOG的多能性和已知DNMT靶基因的启动子结合，从而为分化过程中这些基因的沉默提供了可能的分子链接。

引用本文的药库数据

多肽

的名字	UniProt ID
NADH脱氢酶[泛素]黄蛋白3，线粒体	P56181	细节
7-dehydrocholesterol还原酶	Q9UBM7	细节
RAF原癌基因丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶	P04049	细节
丙酮酸激酶11	P14618	细节
雄性激素受体	P10275	细节
阳离子氨基酸转运蛋白3	Q8WY07	细节
溶质载体家族12个成员6	Q9UHW9	细节
DNA连接酶3	P49916	细节
双官能谷氨酸/脯氨酸——tRNA连接酶	P07814	细节
DNA连接酶1	P18858	细节
大的中性氨基酸转运小亚基1	Q01650	细节
中性氨基酸转运蛋白B(0)	Q15758	细节
5'- amp激活蛋白激酶亚基β -1	Q9Y478	细节
GMP合成酶(glutamine-hydrolyzing)	P49915	细节
胱硫醚beta-synthase	P35520	细节
血管内皮生长因子受体2	P35968	细节
铁蛋白重链	P02794	细节
维生素K-dependent gamma-carboxylase	P38435	细节
钙调蛋白	P0DP23	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶A-Raf	P10398	细节
Abelson酪氨酸蛋白激酶2	P42684	细节
异亮氨酸tRNA连接酶,胞质	P41252	细节
Choline-phosphate cytidylyltransferase B	Q9Y5K3	细节
酪氨酸蛋白激酶受体erbB-2	P04626	细节
Chromodomain-helicase-DNA-binding蛋白1	O14646	细节
Glyceraldehyde-3-phosphate脱氢酶	P04406	细节
蛋氨酸tRNA连接酶,胞质	P56192	细节
DNA聚合酶α催化亚基	P09884	细节
丙酮酸脱氢酶E1组分α亚基，体细胞形态，线粒体	P08559	细节
溶质载体家族12个成员4	Q9UP95	细节
丙酮酸脱氢酶E1成分α亚基，睾丸特异性形式，线粒体	P29803	细节
Choline-phosphate cytidylyltransferase一	P49585	细节
酪氨酸蛋白磷酸酶非受体1型	P18031	细节
乙酰辅酶a羧化酶1	Q13085	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶b - raf	P15056	细节
胞质磷脂酶A2	P47712	细节
Monocarboxylate转运体1	P53985	细节
DNA聚合酶亚基B	Q14181	细节
天冬氨酸——tRNA连接酶,胞质	P14868	细节
Pyrroline-5-carboxylate还原酶2	Q96C36	细节
DNA拓扑异构酶2α	P11388	细节
/钠氢交换器1	P19634	细节
5'- amp激活蛋白激酶亚基β -2	O43741	细节
多药耐药相关蛋白1	P33527	细节
酪氨酸受体激酶Lck	P06239	细节
CTP合酶1	P17812	细节
DNA甲基转移酶1 (cytosine-5)	P26358	细节
丝裂原激活蛋白激酶1	P28482	细节
环amp响应元件结合蛋白1	P16220	细节
DNA拓扑异构酶1	P11387	细节
连环蛋白beta 1	P35222	细节
Calnexin	P27824	细节
rho相关蛋白激酶1	Q13464	细节
转录因子AP-1	P05412	细节
溶质载体家族2，葡萄糖转运蛋白家族1	P11166	细节
丝裂原激活蛋白激酶3	P27361	细节
细胞周期蛋白依赖性激酶1	P06493	细节
缝隙连接α -1蛋白	P17302	细节
磷脂酰丝氨酸合酶1	P48651	细节
Microtubule-associated蛋白2	P11137	细节
CD44抗原	P16070	细节
热休克蛋白hsp90 - α	P07900	细节
Endoplasmin	P14625	细节
Microtubule-associated蛋白1	P78559	细节
14-3-3蛋白ζ/δ	P63104	细节
Phosphatidylethanolamine-binding蛋白1	P30086	细节
醌氧化还原酶	Q08257	细节
脱氧尿苷5'-三磷酸核苷酸水解酶，线粒体	P33316	细节
camp特异性3'，5'-环磷酸二酯酶4D	Q08499	细节
蛋白激酶C型	Q04759	细节
微管蛋白alpha-1C链	Q9BQE3	细节
Uridine-cytidine激酶2	Q9BZX2	细节
DNA修复蛋白XRCC4	Q13426	细节
Fructose-bisphosphate醛缩酶一	P04075	细节
m相诱导磷酸酶2	P30305	细节
聚[adp -核糖]聚合酶1	P09874	细节
死亡相关蛋白激酶1	P53355	细节
Kinesin-like蛋白质KIF11	P52732	细节
热休克蛋白hsp90 - β	P08238	细节
细胞周期蛋白依赖性激酶7	P50613	细节
角蛋白，II型细胞骨架	P05787	细节
层粘连蛋白亚基gamma 1	P11047	细节
Syndecan-2	P34741	细节
Retinoblastoma-associated蛋白质	P06400	细节
依赖吡哆醛的脱羧酶结构域蛋白1	Q6P996	细节
Peptidyl-glycine alpha-amidating单氧酶	P19021	细节
细胞周期蛋白依赖性激酶9	P50750	细节
多功能蛋白ADE2	P22234	细节
CAD蛋白质	P27708	细节
Phosphoribosylformylglycinamidine合酶	O15067	细节
谷氨酰胺-果糖-6-磷酸转氨酶[异构化	O94808	细节
磷脂酰丝氨酸合酶2	Q9BVG9	细节
鞘磷脂磷酸二酯酶4	Q9NXE4	细节
苏氨酸——tRNA连接酶、线粒体	Q9BW92	细节
肽酰脯氨酰顺反异构酶G	Q13427	细节
组蛋白脱乙酰酶1	Q13547	细节
组蛋白脱乙酰酶2	Q92769	细节
蛋白质法尼基转移酶/香叶基香叶基转移酶1型亚基α	P49354	细节
dna依赖性蛋白激酶催化亚基	P78527	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶mTOR	P42345	细节
蛋白激酶C δ型	Q05655	细节
DNA拓扑异构酶2β	Q02880	细节
核糖核苷二磷酸还原酶亚基M2	P31350	细节
E3泛素蛋白连接酶UBR4	Q5T4S7	细节
依赖nadd的蛋白去乙酰化酶sirtuin-1	Q96EB6	细节
电压依赖性阴离子选择通道蛋白1	P21796	细节
电压依赖性阴离子选择通道蛋白2	P45880	细节
前列腺素E合成酶3	Q15185	细节
Gephyrin	Q9NQX3	细节
Kinesin-like蛋白质KIF1A	Q12756	细节
Pleckstrin同源结构域A家族成员1	Q9HB21	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶Chk1	O14757	细节
微管蛋白beta-6链	Q9BUF5	细节
远上游元素结合蛋白1	Q96AE4	细节
camp依赖性蛋白激酶ii - α调节亚基	P13861	细节
camp依赖性蛋白激酶i型α调节亚基	P10644	细节
高迁移率组蛋白B1	P09429	细节
热休克蛋白-1	P04792	细节
Ribosome-binding蛋白1	Q9P2E9	细节
Microtubule-associated蛋白4	P27816	细节
肿瘤坏死因子受体超家族成员8	P28908	细节
酪蛋白激酶I亚型	P49674	细节
热休克因子蛋白1	Q00613	细节
组蛋白脱乙酰酶4	P56524	细节
组蛋白脱乙酰酶7	Q8WUI4	细节
碱性磷酸酶，组织非特异性同工酶	P05186	细节
DNA聚合酶3亚基	Q9NRF9	细节
Cation-independent mannose-6-phosphate受体	P11717	细节
碳酸酐酶14	Q9ULX7	细节
Monocarboxylate运输车10	Q8TF71	细节
分解素和金属蛋白酶结构域蛋白17	P78536	细节
s期激酶相关蛋白1	P63208	细节
Uracil-DNA糖基化酶	P13051	细节
聚[adp核糖]聚合酶2	Q9UGN5	细节
内心的着丝粒蛋白	Q9NQS7	细节
60S核糖体蛋白L15	P61313	细节
60S核糖体蛋白L23a	P62750	细节
60S核糖体蛋白L37	P61927	细节
60S核糖体蛋白L3	P39023	细节
ATP合酶亚基阿尔法，线粒体	P25705	细节
Triosephosphate异构酶	P60174	细节
蛋白激酶C iota型	P41743	细节
Myosin-14	Q7Z406	细节
蛋白酶体亚基阿尔法-3型	P25788	细节
蛋白酶体亚基α -5型	P28066	细节
STE20-like丝氨酸/ threonine-protein激酶	Q9H2G2	细节
核受体辅激活剂	Q9HCD5	细节
Hydroxymethylglutaryl-CoA合酶,胞质	Q01581	细节
细胞周期蛋白依赖性激酶16	Q00536	细节
钙/钙调素依赖性蛋白激酶II型亚基delta	Q13557	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶26	Q9P289	细节
MKL / myocardin-like蛋白1	Q969V6	细节
Destrin	P60981	细节
Cofilin-1	P23528	细节
rho相关蛋白激酶2	O75116	细节
肌动蛋白相关蛋白2/3复合体亚基1B	O15143	细节
核糖体蛋白S6激酶α -1	Q15418	细节
延长因子2	P13639	细节
酪氨酸受体激酶林恩	P07948	细节
SRSF蛋白激酶2	P78362	细节
Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1	P30419	细节
[丙酮酸脱氢酶(乙酰转移)]激酶同工酶3，线粒体	Q15120	细节
RNA聚合酶II转录亚基1的介质	Q15648	细节
蛋白质精氨酸n -甲基转移酶	O60678	细节
Epsin-1	Q9Y6I3	细节
磷酸甘油酸酯激酶1	P00558	细节
Phosphoglucomutase-1	P36871	细节
波形蛋白	P08670	细节
尿苷5 '一磷酸合酶	P11172	细节
Synapsin-1	P17600	细节
camp依赖性蛋白激酶ii型- β调节亚基	P31323	细节
t复合体蛋白1亚基γ	P49368	细节
羧肽酶D	O75976	细节
14-3-3蛋白ε	P62258	细节
[3-甲基-2-氧丁酸脱氢酶[脂酰胺]]激酶，线粒体	O14874	细节
过渡内质网atp酶	P55072	细节
泛素样修饰物激活酶1	P22314	细节
染色质亚家族A成员SWI/ snf相关基质相关肌动蛋白依赖调控因子5	O60264	细节
Uridine-cytidine kinase-like 1	Q9NWZ5	细节
Spectrin β链，非红细胞1	Q01082	细节
碳酸氢钠共转运蛋白	Q9Y6M7	细节
Myc原癌基因蛋白	P01106	细节
平衡核苷转运蛋白2	Q14542	细节
SH2B适配蛋白3	Q9UQQ2	细节
断点簇区域蛋白质	P11274	细节
双特异性丝裂原活化蛋白激酶2	P36507	细节
丝裂原活化蛋白激酶激酶2	Q9Y2U5	细节
RalA-binding蛋白1	Q15311	细节
Ethanolamine-phosphate cytidylyltransferase	Q99447	细节
核糖体蛋白S6激酶α -3	P51812	细节
膜相关孕酮受体成分1	O00264	细节
环amp依赖性转录因子ATF-2	P15336	细节
环amp依赖性转录因子ATF-7	P17544	细节
细胞内透明质酸结合蛋白4	Q5JVS0	细节
组蛋白H1.4	P10412	细节
酪蛋白激酶II亚基β	P67870	细节
丝裂原活化蛋白激酶	Q9NYL2	细节
Dihydropyrimidinase-related蛋白2	Q16555	细节
PML蛋白	P29590	细节
核仁和盘体磷酸蛋白1	Q14978	细节
蛋白质O-GlcNAcase	O60502	细节
原蛋白转化酶枯草菌素/可欣型9	Q8NBP7	细节
Calmodulin-2	P0DP24	细节
Calmodulin-3	P0DP25	细节
钙依赖性分泌激活剂	Q86UW7	细节
60 kDa热休克蛋白，线粒体	P10809	细节
异构核核糖核蛋白A2/B1	P22626	细节
异质核核糖核蛋白H	P31943	细节
异质核核糖核蛋白H3	P31942	细节
异质核核糖核蛋白L	P14866	细节
拼接因子，富含脯氨酸和谷氨酰胺	P23246	细节
活化蛋白C激酶受体1	P63244	细节
Alpha-actinin-1	P12814	细节
Stress-induced-phosphoprotein 1	P31948	细节
真核起始因子4A-I	P60842	细节
Hepatoma-derived生长因子	P51858	细节
磷酸甘油酸酯变位酶1	P18669	细节
Ran-specific GTPase-activating蛋白质	P43487	细节
杭丁顿蛋白	P42858	细节
怀孕特有beta-1-glycoprotein 5	Q15238	细节
神经细胞粘附分子L1	P32004	细节
真核翻译起始因子3亚基F	O00303	细节
异质核核糖核蛋白F	P52597	细节
异质核核糖核蛋白K	P61978	细节
热休克70 kDa蛋白4	P34932	细节
热休克蛋白105 kDa	Q92598	细节
核迁移蛋白nnc	Q9Y266	细节
26S蛋白酶调节亚基6A	P17980	细节
拼接因子3A亚基3	Q12874	细节
肿瘤蛋白质D54	O43399	细节
泛素羧基端水解酶	P54578	细节
染色体盒蛋白同源物5	P45973	细节
Desmoplakin	P15924	细节
远上游元素结合蛋白2	Q92945	细节
富含半胱氨酸和甘氨酸的蛋白质	P21291	细节
Filamin-A	P21333	细节
异质核核糖核蛋白D0	Q14103	细节
异染色质蛋白1-结合蛋白3	Q5SSJ5	细节
Nucleophosmin	P06748	细节
60S核糖体蛋白L14	P50914	细节
60S核糖体蛋白L18	Q07020	细节
40S核糖体蛋白S17	P08708	细节
40S核糖体蛋白S6	P62753	细节
剪接因子1	Q15637	细节
丝氨酸/精氨酸富剪接因子4	Q08170	细节
Transgelin-2	P37802	细节
Zyxin	Q15942	细节
富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子	Q07955	细节
生存运动神经元蛋白	B4DP61	细节
Transgelin	Q01995	细节
Myosin-9	P35579	细节
可能依赖于atp的RNA解旋酶DDX5	P17844	细节
剪接因子3B亚基1	O75533	细节
超长链脂肪酸延伸蛋白5	Q9NYP7	细节
核糖体蛋白S6激酶α -6	Q9UK32	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶24	Q9Y6E0	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶3	Q13188	细节
STE20/ sps1相关富脯氨酸-丙氨酸蛋白激酶	Q9UEW8	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶TAO1	Q7L7X3	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶TAO3	Q9H2K8	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶蓬乱样2	Q86UE8	细节
TRAF2和nck相互作用蛋白激酶	Q9UKE5	细节
非受体酪氨酸蛋白激酶TNK1	Q13470	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶ULK1	O75385	细节
ap2相关蛋白激酶1	Q2M2I8	细节
Citron Rho-interacting激酶	O14578	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶DCLK1	O15075	细节
eIF-2-alpha激酶GCN2	Q9P2K8	细节
Ephrin a型受体1	P21709	细节
Cyclin-G-associated激酶	O14976	细节
丝裂原活化蛋白激酶激酶4	Q9Y6R4	细节
丝裂原激活蛋白激酶激酶激酶激酶4	O95819	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶MARK1	Q9P0L2	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶MARK2	Q7KZI7	细节
MAP/微管亲和调节激酶3	P27448	细节
CLIP-associating蛋白1	Q7Z460	细节
Misshapen-like激酶1	Q8N4C8	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶OSR1	O95747	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶PAK 1	Q13153	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶PAK 2	Q13177	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶PAK 4	O96013	细节
细胞周期蛋白依赖性激酶17	Q00537	细节
磷脂酰肌醇4-kinaseβ	Q9UBF8	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶N1	Q16512	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶D1	Q15139	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶PRP4同源物	Q13523	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶RIO1	Q9BRS2	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶RIO2	Q9BVS4	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶10	O94804	细节
Histone-lysine N-methyltransferase EZH2	Q15910	细节
POU结构域，第2类，转录因子1	P14859	细节
atp柠檬酸合酶	P53396	细节
钠偶联中性氨基酸转运蛋白1	Q9H2H9	细节
DNA甲基转移酶3 (cytosine-5)	Q9Y6K1	细节
锌转运体ZIP10	Q9ULF5	细节
锌转运体1	Q9Y6M5	细节
酪氨酸蛋白磷酸酶非受体12型	Q05209	细节
质膜钙转运atp酶1	P20020	细节
DNA甲基转移酶3 b (cytosine-5)	Q9UBC3	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶ATR	Q13535	细节
真核翻译起始因子4e结合蛋白1	Q13541	细节
赖氨酸特异性组蛋白去甲基化酶1A	O60341	细节
增殖标志蛋白Ki-67	P46013	细节
组蛋白乙酰转移酶p300	Q09472	细节
ELAV-like蛋白1	Q15717	细节