一种基于概率的高通量蛋白质磷酸化分析和位点定位方法。
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Beausoleil SA, Villen J, Gerber SA, Rush J, Gygi SP
一种基于概率的高通量蛋白质磷酸化分析和位点定位方法。
生物技术。2006 10月24(10):1285-92。Epub 2006 9月10日。
- PubMed ID
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16964243 (在PubMed］
- 摘要
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当试图通过纳米级反相液相色谱/串联质谱(LC-MS/MS)识别大量蛋白质磷酸化位点时，数据分析和解释仍然是主要的后勤挑战(补充图1在线)。在本报告中，我们解决了通常只能通过费力的手工验证解决的挑战，包括数据集错误、数据集敏感性和磷酸化位点定位。我们提供了一个大规模的磷酸化数据集，其错误率由目标-诱饵方法确定，我们演示了一种通过有效分散不正确的肽谱匹配(psm)来最大化数据集灵敏度的方法，并提出了一个基于概率的评分，评分，衡量基于MS/MS光谱中位点决定离子的存在和强度的正确磷酸化位点定位的概率。我们以全自动的方式将我们的方法应用于诺可达唑捕获的HeLa细胞裂解液，从491个蛋白质中鉴定出1761个非冗余磷酸化位点，肽假阳性率为1.3%。
引用本文的药库数据
- 多肽
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的名字 UniProt ID 丙酮酸激酶11 P14618 细节 DNA连接酶3 P49916 细节 双官能谷氨酸/脯氨酸——tRNA连接酶 P07814 细节 DNA连接酶1 P18858 细节 丝氨酸/ threonine-protein激酶A-Raf P10398 细节 Abelson酪氨酸蛋白激酶2 P42684 细节 cgmp抑制的3'，5'-环磷酸二酯酶A Q14432 细节 Chromodomain-helicase-DNA-binding蛋白1 O14646 细节 Choline-phosphate cytidylyltransferase一 P49585 细节 丝氨酸/ threonine-protein激酶b - raf P15056 细节 胞质磷脂酶A2 P47712 细节 Pyrroline-5-carboxylate还原酶2 Q96C36 细节 DNA拓扑异构酶2α P11388 细节 糖皮质激素受体 P04150 细节 CTP合酶1 P17812 细节 信号转换器和转录激活器5B P51692 细节 脂肪酸合酶 P49327 细节 脱氧尿苷5'-三磷酸核苷酸水解酶，线粒体 P33316 细节 胸苷激酶,胞质 P04183 细节 Kinesin-like蛋白质KIF11 P52732 细节 角蛋白，II型细胞骨架 P05787 细节 依赖吡哆醛的脱羧酶结构域蛋白1 Q6P996 细节 钼辅因子sulfurase Q96EN8 细节 多功能蛋白ADE2 P22234 细节 CAD蛋白质 P27708 细节 蛋白质法尼基转移酶/香叶基香叶基转移酶1型亚基α P49354 细节 DNA拓扑异构酶2β Q02880 细节 核糖核苷二磷酸还原酶亚基M2 P31350 细节 依赖nadd的蛋白去乙酰化酶sirtuin-1 Q96EB6 细节 Gephyrin Q9NQX3 细节 局部粘附激酶1 Q05397 细节 整合素β4 P16144 细节 远上游元素结合蛋白1 Q96AE4 细节 热休克蛋白-1 P04792 细节 Ribosome-binding蛋白1 Q9P2E9 细节 Microtubule-associated蛋白4 P27816 细节 核受体共激活剂2 Q15596 细节 蛋白酶体亚基阿尔法-3型 P25788 细节 蛋白酶体亚基α -5型 P28066 细节 核糖体蛋白S6激酶α -1 Q15418 细节 SRSF蛋白激酶2 P78362 细节 Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1 P30419 细节 RNA聚合酶II转录亚基1的介质 Q15648 细节 Epsin-1 Q9Y6I3 细节 波形蛋白 P08670 细节 Uridine-cytidine kinase-like 1 Q9NWZ5 细节 肝细胞生长因子调节的酪氨酸激酶底物 O14964 细节 核糖体蛋白S6激酶α -3 P51812 细节 Dihydropyrimidinase-related蛋白2 Q16555 细节 核仁和盘体磷酸蛋白1 Q14978 细节 60 kDa热休克蛋白，线粒体 P10809 细节 Hepatoma-derived生长因子 P51858 细节 周期蛋白依赖性激酶抑制剂1 P38936 细节 异质核核糖核蛋白K P61978 细节 远上游元素结合蛋白2 Q92945 细节 富含半胱氨酸和甘氨酸的蛋白质 P21291 细节 Filamin-A P21333 细节 60S核糖体蛋白L18 Q07020 细节 剪接因子1 Q15637 细节 Zyxin Q15942 细节 Myosin-9 P35579 细节 剪接因子3B亚基1 O75533 细节 丝氨酸/ threonine-protein激酶TAO1 Q7L7X3 细节 ap2相关蛋白激酶1 Q2M2I8 细节 酪蛋白激酶I亚型 P48729 细节 丝裂原激活蛋白激酶激酶11 Q16584 细节 丝氨酸/ threonine-protein激酶MARK2 Q7KZI7 细节 丝氨酸/ threonine-protein激酶Nek9 Q8TD19 细节 丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶PAK 1 Q13153 细节 丝氨酸/ threonine-protein激酶N1 Q16512 细节 丝氨酸/ threonine-protein激酶N2 Q16513 细节 丝氨酸/ threonine-protein激酶10 O94804 细节 Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 Q15910 细节 Exportin-1 O14980 细节 POU结构域，第2类，转录因子1 P14859 细节 酪氨酸蛋白磷酸酶非受体12型 Q05209 细节 钼嘌呤合酶催化亚基 O96007 细节 增殖标志蛋白Ki-67 P46013 细节