氨基糖苷与30S核糖体亚基的关联途径。

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杜德戈什，崔尔斯卡

氨基糖苷与30S核糖体亚基的关联途径。

中华物理学报(英文版);2009年5月21日;doi: 10.1021 / jp8112914。

PubMed ID
19438282 (PubMed视图
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摘要

许多氨基糖苷类抗生素靶向细菌核糖体，改变其作为翻译机制的正常功能，导致细菌死亡。为了更好地理解它们的几种抑制机制，我们应用布朗动力学，研究了氨基糖苷代表巴洛霉素与整个30S核糖体亚基的动力学和关联。我们确定，氨基糖苷在核糖体氨基酰基- trna位点(a位点)的特异性结合始于抗生素向30S亚基上任何一点的扩散，然后是30S表面的探测。令人惊讶的是，抗生素没有直接的静电引导到a位点。此外，我们还发现了帕洛玛霉素在a位点附近迁移率较高的两个可能入口。抗生素也访问其他针对30S亚基的药物的结合位点。我们发现巴罗霉素与位于16S rRNA螺旋44的不同位点相互作用，这可能解释了最近的实验发现，巴罗霉素的其他抑制作用来自于核糖体70S复合物的过度稳定。此外，我们的模拟还揭示了30S亚基的交替结合裂口，这可能对帕洛玛霉素对易位的抑制作用很重要。扩散极限缔合率估计为10(9)(M.s)(-1)阶，与溶液的离子强度无关;解释了这一结果的物理起源。

引用本文的药物库数据

药物
药物靶点
药物 目标 种类 生物 药理作用 行动
巴龙霉素 30S核糖体蛋白S10 蛋白质 嗜热热杆菌(HB8 / ATCC 27634 / DSM 579菌株)
是的
抑制剂
 细节