探索蛋白质组分析蛋白质加工排序氨基肽的质谱鉴定。

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Gevaert K,高堡M, Martens L, Van Damme J, sta,托马斯•GR Vandekerckhove J

探索蛋白质组分析蛋白质加工排序氨基肽的质谱鉴定。

生物科技Nat》。2003; 21 (5): 566 - 9。Epub 2003年3月31日。

PubMed ID

12665801 (在PubMed

]

文摘

当前non-gel分析蛋白质组技术严重依赖酶消化蛋白质的质谱分析混合物。分析之前,一种高度复杂的多肽混合物在多维色谱系统分离或首先减少复杂性的隔离套代表肽。最近,我们开发了一种肽隔离过程基于对角线电泳和对角线色谱法。我们叫它结合部分对角线色谱法(COFRADIC)。在之前的实验中,我们使用COFRADIC识别超过800大肠杆菌蛋白质通过串联质谱(MS / MS)分析孤立methionine-containing肽。在这里,我们描述一个对角线方法隔离氨基肽。这减少了多肽样品的复杂性,因为每个蛋白质都有一个N末端,因此由只有一个肽。在这个新的程序,自由氨基酸组蛋白质是首先被乙酰化,然后用胰蛋白酶消化。在反相色谱分离(RP)生成的肽混合物,内部使用2肽受阻,4,6-trinitrobenzenesulfonic酸(TNBS);他们显示一个强烈的疏水性的转变,因此隔离的氨基端肽在第二个相同的分离步骤。 N-terminal peptides can thereby be specifically collected for further liquid chromatography (LC)-MS/MS analysis. Omitting the acetylation step results in the isolation of non-lysine-containing N-terminal peptides from in vivo blocked proteins.

DrugBank数据引用了这篇文章

多肽

的名字	UniProt ID
微管蛋白beta 1链	Q9H4B7	细节
苯丙氨酸——tRNA连接酶α亚基	Q9Y285	细节
转酮醇酶	P29401	细节
Delta-aminolevulinic酸脱水酶	P13716	细节
丙酮酸激酶11	P14618	细节
腺嘌呤phosphoribosyltransferase	P07741	细节
血红蛋白亚基α	P69905	细节
NAD-dependent苹果酸脱氢酶、线粒体	P23368	细节
酪氨酸- tRNA连接酶,胞质	P54577	细节
山梨糖醇脱氢酶	Q00796	细节
转体基因	P02766	细节
Isovaleryl-CoA脱氢酶、线粒体	P26440	细节
血清白蛋白	P02768	细节
NADH脱氢酶(辅酶q) 1α复形单元11	Q86Y39	细节
Glyceraldehyde-3-phosphate脱氢酶	P04406	细节
C-1-tetrahydrofolate合酶,胞质	P11586	细节
Peptidyl-prolyl顺反异构酶FKBP1A	P62942	细节
谷胱甘肽S-transferase P	P09211	细节
血小板糖蛋白第九	P14770	细节
L-xylulose还原酶	Q7Z4W1	细节
蛋白激酶C测试类型	P05771	细节
增殖蛋白激酶1	P28482	细节
血小板碱性蛋白	P02775	细节
精胺合成酶	P52788	细节
Peptidyl-prolyl顺反异构酶一	P62937	细节
增殖蛋白激酶14	Q16539	细节
血小板糖蛋白Ibα链	P07359	细节
血管性血友病因子	P04275	细节
Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase	P11413	细节
蛋白激酶Cα型	P17252	细节
整合素β3	P05106	细节
Endoplasmin	P14625	细节
14-3-3蛋白ζ/δ	P63104	细节
过氧化氢酶	P04040	细节
组氨酸三nucleotide-binding蛋白质1	P49773	细节
Fructose-bisphosphate醛缩酶一	P04075	细节
巨噬细胞迁移抑制因子	P14174	细节
脂肪酸结合蛋白,表皮	Q01469	细节
纤维蛋白原β链	P02675	细节
蛋白质ERGIC-53	P49257	细节
糖原磷酸化酶,大脑的形式	P11216	细节
脂肪酸酰胺水解酶1	O00519	细节
Glutamyl-tRNA (Gln) amidotransferase单元B,线粒体	O75879	细节
N-acetyl-D-glucosamine激酶	Q9UJ70	细节
蛋白质disulfide-isomerase	P07237	细节
Wiskott-Aldrich综合症蛋白质	P42768	细节
膜联蛋白A3	P12429	细节
β淀粉样蛋白A4蛋白	P05067	细节
cAMP-dependent蛋白激酶类型一调节亚基	P10644	细节
载脂蛋白-ⅰ	P02647	细节
Gelsolin	P06396	细节
Destrin	P60981	细节
Cofilin-1	P23528	细节
Actin-related 2/3复杂蛋白质亚基1 b	O15143	细节
Actin-related蛋白质2/3复杂单元2	O15144	细节
Actin-related蛋白质2/3复杂的亚基3	O15145	细节
Actin-related蛋白质2/3复杂的亚基4	P59998	细节
Actin-related蛋白质2/3复杂的亚基5	O15511	细节
硫代硫酸盐sulfurtransferase	Q16762	细节
Acyl-CoA-binding蛋白质	P07108	细节
Galectin-1	P09382	细节
延长因子图,线粒体	P49411	细节
14-3-3蛋白ε	P62258	细节
过渡内质网腺苷三磷酸酶	P55072	细节
排序nexin-3	O60493	细节
真核翻译起始因子2单元3	P41091	细节
Peroxiredoxin-6	P30041	细节
角蛋白,I型细胞骨架12所示	Q99456	细节
肌动蛋白、胞质1	P60709	细节
肌动蛋白、胞质2	P63261	细节
溶酶体保护蛋白	P10619	细节
60 kDa热休克蛋白、线粒体	P10809	细节
Alpha-actinin-1	P12814	细节
14-3-3蛋白β/α	P31946	细节
蛋白质disulfide-isomerase A3	P30101	细节
RuvB-like 2	Q9Y230	细节
原肌球蛋白alpha 4链	P67936	细节
14-3-3蛋白埃塔	Q04917	细节
14-3-3蛋白θ	P27348	细节
Alpha-2-HS-glycoprotein	P02765	细节
角蛋白,II型细胞骨架1	P04264	细节
线粒体ATP合酶亚基啊	P48047	细节
Transgelin-2	P37802	细节
钙/ calmodulin-dependent蛋白激酶1型	Q14012	细节
酪氨酸受体磷酸酶non-receptor类型12	Q05209	细节
真核翻译起始因子4 e结合蛋白1	Q13541	细节