基于实验验证裂解位点分析的信号肽预测。

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张震，王文杰

基于实验验证裂解位点分析的信号肽预测。

蛋白质科学，2004 10月;13(10):2819-24。Epub 2004 8月31日。

PubMed ID

15340161 (PubMed视图

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摘要

许多计算工具可用于检测信号肽，但其定位信号肽切割位点的能力差异很大，往往不尽如人意。我们通过自动Edman分析描述了一组270个分泌的重组人蛋白，并使用验证的切割位点来评估一些计算预测程序的成功率。对数据集n端区域氨基酸频率的检查显示出对脯氨酸和谷氨酰胺的偏好，但对酪氨酸的偏好。将该数据集与SWISS-PROT数据库进行比较，发现与计算生成的裂解位点注释存在很高的差异。结果表明，预测信号序列的最佳程序是SignalP 2.0-NN，其解理位点识别准确率为78.1%。新的数据集可用于改进预测算法，并在此基础上建立了改进的信号肽剖面隐马尔可夫模型。

引用本文的药物库数据

多肽

的名字	UniProt ID
血管内皮生长因子受体3	P35916	细节
血管内皮生长因子A	P15692	细节
血小板衍生生长因子受体	P09619	细节
降钙素受体	P30988	细节
高亲和力免疫球蛋白γ Fc受体I	P12314	细节
表皮生长因子受体	P00533	细节
可卡因和安非他明调控的转录蛋白	Q16568	细节
Lithostathine-1-alpha	P05451	细节
血小板碱性蛋白	P02775	细节
Pro-opiomelanocortin	P01189	细节
组织因子途径抑制剂	P10646	细节
胰岛素样生长因子结合蛋白3	P17936	细节
血管细胞粘附蛋白1	P19320	细节
蛋白质NOV同源物	P48745	细节
二肽酶1	P16444	细节
肿瘤坏死因子受体超家族成员5	P25942	细节
成纤维细胞生长因子受体4	P22455	细节
tgf - β受体2型	P37173	细节
胰岛素样生长因子结合蛋白7	Q16270	细节
硫氧还蛋白结构域蛋白12	O95881	细节
碳酸酐酶9	Q16790	细节
toll样受体4	O00206	细节
白细胞介素- 10”	P22301	细节
Zinc-alpha-2-glycoprotein	P25311	细节
甲状旁腺激素	P01270	细节
他们的受体	Q02763	细节
前列腺干细胞抗原	O43653	细节
Promotilin	P12872	细节
肿瘤坏死因子受体超家族成员9	Q07011	细节
t细胞表面糖蛋白CD4	P01730	细节
SLAM家庭成员7	Q9NQ25	细节
维甲酸诱导的丝氨酸羧肽酶	Q9HB40	细节
Lactase-like蛋白质	Q6UWM7	细节
Follistatin	P19883	细节
丝氨酸蛋白酶抑制剂kazal - 6型	Q6UWN8	细节
L-amino-acid氧化酶	Q96RQ9	细节
N-acetylmuramoyl-L-alanine酰胺酶	Q96PD5	细节
c型凝集素结构域家族14个成员A	Q86T13	细节
成纤维细胞生长因子19	O95750	细节
Interleukin-17A	Q16552	细节
三叶因子1	P04155	细节
前列腺特异性抗原	P07288	细节
降钙素基因相关肽1型受体	Q16602	细节
Dermcidin	P81605	细节
Ficolin-3	O75636	细节
酪氨酸蛋白激酶受体Tie-1	P35590	细节
Ephrin b型受体1	P54762	细节
Ephrin b型受体6	O15197	细节
Sclerostin	Q9BQB4	细节
锌转运蛋白ZIP6	Q13433	细节
血管生成素相关蛋白3	Q9Y5C1	细节
CD27抗原	P26842	细节
血管内皮生长因子C	P49767	细节
小鼠抗原	Q5ZPR3	细节
IgG受体FcRn大亚基p51	P55899	细节
Interleukin-17F	Q96PD4	细节