利用改进的阵列测序技术鉴定线粒体疾病中的罕见DNA变异。
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王w，沈p, Thiyagarajan S, Lin S, Palm C, Horvath R, Klopstock T, Cutler D, Pique L, Schrijver I, Davis RW, Mindrinos M, Speed TP, Scharfe C
利用改进的阵列测序技术鉴定线粒体疾病中的罕见DNA变异。
核酸研究，2011年1月;39(1):44-58。doi: 10.1093 / nar / gkq750。Epub 2010 9月15日。
- PubMed ID
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20843780 (PubMed视图］
- 摘要
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通过医学重测序发现罕见的功能性DNA变异的一个共同目标是引起相对较低比例的假阳性碱基呼叫。我们开发了一种新的重测序阵列统计方法(SRMA，序列鲁棒多阵列分析)，以提高检测罕见变异的准确性，并降低医疗应用中所需的后续序列验证的成本。SRMA包括单阵列和多阵列分析，并考虑技术变量以及低频率和高频率基因组变异的可能性。每个基本呼叫的可信度使用两个质量指标进行排名。与Sanger毛细管测序相比，我们实现了2%的假发现率(假阳性率1.2 x 10(-)(5)，假阴性率5%)，这与自动化第二代测序技术相似。应用于线粒体DNA (mtDNA)维持障碍的39个核候选基因分析，我们在阳性对照病例中证实了DNA聚合酶γ POLG的突变，并在以前未诊断的病例中确定了线粒体拓扑异构酶TOP1MT、错配修复酶MUTYH和嘌呤-嘧啶核酸内切酶APEX2的新罕见变异。一些患者在几个功能相互作用的基因中携带罕见的杂合变异，这可能表明在这些临床相似的疾病中存在协同遗传效应。