多酶消化与肼化结合的人肝组织糖蛋白组学分析。
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陈锐，姜旭，孙东，韩刚，王芳，叶敏，王磊，邹浩
多酶消化与肼化结合的人肝组织糖蛋白组学分析。
蛋白质组学学报2009 Feb;8(2):651-61。doi: 10.1021 / pr8008012。
- PubMed ID
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19159218 (在PubMed］
- 摘要
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糖蛋白的糖基化研究因其复杂性大、动态范围分布广、化学计量学修饰程度低等原因，远远落后于当前蛋白质组学的研究进展。利用肼化化学固相萃取n -糖肽已成为一种常用的n -糖蛋白组分析方法。然而，在用胰蛋白酶对人类蛋白质组数据库中的蛋白质进行硅酶消化时，发现有相当大比例的胰蛋白酶n -糖肽不在鸟枪蛋白质组学方法的首选检测质量范围内，即800 ~ 3500 Da。而较大的糖基可能阻碍胰蛋白酶进入n -糖位附近的K, R残基进行消化，从而产生较大的糖肽。因此，如果仅用胰蛋白酶消化蛋白质，许多n -糖基无法定位。在此，我们描述了一种结合肼化化学方法和多种酶消化分析人肝组织n -糖蛋白组的综合方法。将人肝组织裂解液分别用三种特异性不同的蛋白酶消化，分别为胰蛋白酶、胃蛋白酶和热溶血素。单独使用胰蛋白酶可鉴定出622个n -糖位点，而使用胃蛋白酶和热溶素可鉴定出317个额外的n -糖位点。在额外的317个n -糖基中，有98个(30.9%)不能被胰蛋白酶理论上识别，因为硅胰蛋白酶肽中相应的n -糖基太小或太大，无法在质谱仪中检测到。本研究清楚地表明，采用多酶消化可以显著提高n -糖基的覆盖率。 A total number of 939 N-glycosites were identified confidently, covering 523 noredundant glycoproteins from human liver tissue, which leads to the establishment of the largest data set of glycoproteome from human liver up to now.
引用本文的药库数据
- 多肽
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的名字 UniProt ID 胰岛素受体 P06213 细节 凝血酶原 P00734 细节 脯氨酰4-羟化酶亚基α -1 P13674 细节 癌胚抗原相关细胞粘附分子1 P13688 细节 atp结合盒式磁带亚族A成员1 O95477 细节 清道夫受体B类成员1 Q8WTV0 细节 Corticosteroid-binding球蛋白 P08185 细节 血管紧张素转换酶 P12821 细节 抗凝血酶iii P01008 细节 皮质类固醇11- β脱氢酶同工酶1 P28845 细节 GDH/6PGL内质双功能蛋白 O95479 细节 Alpha-N-acetylglucosaminidase P54802 细节 中性粒细胞弹性蛋白酶 P08246 细节 维生素K-dependent gamma-carboxylase P38435 细节 外核苷酸焦磷酸酶/磷酸二酯酶家族成员1 P22413 细节 低密度脂蛋白受体 P01130 细节 Serotransferrin P02787 细节 天门冬氨酰/ asparaginyl beta-hydroxylase Q12797 细节 纤维蛋白原α链 P02671 细节 性hormone-binding球蛋白 P04278 细节 电压依赖性钙通道亚基α -2/ δ -1 P54289 细节 高亲和力免疫球蛋白γ Fc受体I P12314 细节 表皮生长因子受体 P00533 细节 肝素辅因子2 P05546 细节 Ephrin a型受体2 P29317 细节 Dipeptidyl肽酶4 P27487 细节 溶酶体alpha-glucosidase P10253 细节 N-acetylgalactosamine-6-sulfatase P34059 细节 Gamma-glutamyltranspeptidase 1 P19440 细节 Alpha-2-macroglobulin P01023 细节 Sialidase-1 Q99519 细节 Alpha-1-acid糖蛋白1 P02763 细节 衰变加速因子的补充 P08174 细节 血清paraoxonase /芳香酯1 P27169 细节 组织蛋白酶D P07339 细节 Alpha-1-antitrypsin P01009 细节 硫胺转运蛋白2 Q9BZV2 细节 胰岛素样生长因子结合蛋白3 P17936 细节 Beta-glucuronidase P08236 细节 Glucosylceramidase P04062 细节 血管紧张素转换酶2 Q9BYF1 细节 Lactotransferrin P02788 细节 膜一级胺氧化酶 Q16853 细节 Kininogen-1 P01042 细节 凝血因子ξ P03951 细节 基膜特异性硫酸肝素蛋白多糖核心蛋白 P98160 细节 Chymase P23946 细节 整合素beta 2 P05107 细节 血管性血友病因子 P04275 细节 Proton-coupled叶酸运输车 Q96NT5 细节 血管紧张肽原 P01019 细节 Heparanase Q9Y251 细节 Vitronectin P04004 细节 髓过氧物酶 P05164 细节 氨肽酶N P15144 细节 中性粒细胞gelatinase-associated lipocalin P80188 细节 细胞间粘附分子1 P05362 细节 5 '核苷酸酶 P21589 细节 CD44抗原 P16070 细节 血浆铜蓝蛋白 P00450 细节 二肽酶1 P16444 细节 Beta-hexosaminidaseβ亚基 P07686 细节 整合素β3 P05106 细节 Endoplasmin P14625 细节 Prosaposin P07602 细节 纤连蛋白 P02751 细节 血清淀粉样蛋白P-component P02743 细节 adp核糖环化酶/环状adp核糖水解酶 Q10588 细节 组织蛋白酶F Q9UBX1 细节 补充c1子组件 P09871 细节 补充因素B P00751 细节 纤维蛋白原β链 P02675 细节 纤维蛋白原γ链 P02679 细节 补充C1r子组件 P00736 细节 补充C1q子组分亚基A P02745 细节 层粘连蛋白亚基alpha-5 O15230 细节 层粘连蛋白亚基beta 1 P07942 细节 层粘连蛋白亚基gamma 1 P11047 细节 层粘连蛋白亚基alpha - P25391 细节 Calreticulin P27797 细节 低密度脂蛋白受体相关蛋白1 Q07954 细节 Asialoglycoprotein受体2 P07307 细节 丝氨酸蛋白酶hepsin P05981 细节 Neuropilin-1 O14786 细节 组织蛋白酶L1 P07711 细节 胆碱酯酶 P06276 细节 胆碱转运蛋白样蛋白2 Q8IWA5 细节 Procollagen-lysine, 2-oxoglutarate 5-dioxygenase 2 O00469 细节 Prolyl 3-hydroxylase 1 Q32P28 细节 谷酰基氨基肽酶 Q07075 细节 磷脂酰丝氨酸合酶2 Q9BVG9 细节 分解素和金属蛋白酶结构域蛋白10 O14672 细节 Alpha-galactosidase一 P06280 细节 血浆激肽释放酶 P03952 细节 上皮细胞粘附分子 P16422 细节 血浆蛋白酶C1抑制剂 P05155 细节 Ig -1链C区 P01857 细节 Beta-2-glycoprotein 1 P02749 细节 Zinc-alpha-2-glycoprotein P25311 细节 Arylsulfatase一 P15289 细节 清道夫受体富含半胱氨酸的1型蛋白M130 Q86VB7 细节 瘦素受体 P48357 细节 他们的受体 Q02763 细节 羧肽酶B2 Q96IY4 细节 程序性细胞死亡1配体1 Q9NZQ7 细节 补体C3 P01024 细节 跨膜糖蛋白NMB Q14956 细节 t细胞表面糖蛋白CD4 P01730 细节 Endoglin P17813 细节 toll样受体8 Q9NR97 细节 单核细胞分化抗原CD14 P08571 细节 UDP-glucuronosyltransferase 1 - 1 P22309 细节 UDP-glucuronosyltransferase 1 - 4 P22310 细节 碱性磷酸酶，组织非特异性同工酶 P05186 细节 受体型酪氨酸蛋白磷酸酶 Q13332 细节 整合素beta 1 P05556 细节 整合素alpha-V P06756 细节 Cation-independent mannose-6-phosphate受体 P11717 细节 溶质载体家族22个成员7 Q9Y694 细节 Alpha-1-acid糖蛋白2 P19652 细节 UDP-glucuronosyltransferase 1 - 3 P35503 细节 UDP-glucuronosyltransferase 2 b7 P16662 细节 UDP-glucuronosyltransferase 2 b4 P06133 细节 UDP-glucuronosyltransferase 1 - 8 Q9HAW9 细节 类胰蛋白酶α/ beta 1 Q15661 细节 Endothelin-converting酶1 P42892 细节 Ig -2链C区 P01859 细节 Pro-cathepsin H P09668 细节 HLA I类组织相容性抗原，B-27 α链 P01889 细节 癌胚抗原相关细胞粘附分子5 P06731 细节 载脂蛋白米 O95445 细节 脊髓灰质炎病毒受体 P15151 细节 Cation-dependent mannose-6-phosphate受体 P20645 细节 Decorin P07585 细节 肌醇1,4,5-三磷酸受体1型 Q14643 细节 Palmitoyl-protein thioesterase 1 P50897 细节 L-amino-acid氧化酶 Q96RQ9 细节 羧肽酶D O75976 细节 N-acetylmuramoyl-L-alanine酰胺酶 Q96PD5 细节 Alpha-N-acetylgalactosaminidase P17050 细节 羧肽酶问 Q9Y646 细节 补充C4-A P0C0L4 细节 UDP-glucuronosyltransferase 2去往b15 P54855 细节 古柯碱酯酶 O00748 细节 转铁蛋白受体蛋白 P02786 细节 转铁蛋白受体蛋白2 Q9UP52 细节 细胞色素b-245重链 P04839 细节 Stabilin-2 Q8WWQ8 细节 钠/钾运输atp酶亚基β -1 P05026 细节 钠/钾运输atp酶亚基β -2 P14415 细节 载脂蛋白D P05090 细节 Ig -4链C区 P01861 细节 Ig是C链区域 P01871 细节 adp核糖环化酶/环状adp核糖水解酶 P28907 细节 硒蛋白P P49908 细节 P2X purinoceptor 4 Q99571 细节 溶酶体保护蛋白 P10619 细节 溶质载体家族13成员5 Q86YT5 细节 Fibrillin-2 P35556 细节 Afamin P43652 细节 整合素alpha-5 P08648 细节 神经细胞粘附分子L1 P32004 细节 巨噬细胞受体马可 Q9UEW3 细节 次要组织相容性抗原H13 Q8TCT9 细节 节点调制器1 Q15155 细节 拼接因子3A亚基3 Q12874 细节 Alpha-2-HS-glycoprotein P02765 细节 c4b结合蛋白α链 P04003 细节 补体组分C8链 P07358 细节 补充成分C9 P02748 细节 补体因子H P08603 细节 我补充因素 P05156 细节 Clusterin P10909 细节 胰岛素样生长因子结合蛋白复合体酸性不稳定亚基 P35858 细节 α -胰蛋白酶间抑制剂重链H2 P19823 细节 Lumican P51884 细节 色素epithelium-derived因素 P36955 细节 c4b结合蛋白β链 P20851 细节 补体组分C8链 P07357 细节 凝血因子XIII B链 P05160 细节 Ficolin-3 O75636 细节 α -胰蛋白酶间抑制剂重链H1 P19827 细节 α -胰蛋白酶间抑制剂重链H4 Q14624 细节 免疫球蛋白J链 P01591 细节 妊娠带蛋白 P20742 细节 Alpha-1-antichymotrypsin P01011 细节 N-acylethanolamine-hydrolyzing酸酰胺酶 Q02083 细节 Iduronate 2-sulfatase P22304 细节 Alpha-L-iduronidase P35475 细节 Arylsulfatase B P15848 细节 UDP-glucuronosyltransferase 2 b10 P36537 细节 磷脂转运蛋白 P55058 细节 HLA II类组织相容性抗原，DR α链 P01903 细节 HLA II类组织相容性抗原，DR β 5链 Q30154 细节 N-sulphoglucosamine sulphohydrolase P51688 细节 外核苷三磷酸二磷水解酶 O75356 细节 Prostaglandin-H2 D-isomerase P41222 细节 锌转运体ZIP14 Q15043 细节 载脂蛋白b - 100 P04114 细节 血液结合素 P02790 细节 富含组氨酸糖蛋白 P04196 细节 结合珠蛋白 P00738 细节 血清paraoxonase /芳香酯2 Q15165 细节 v型质子atp酶亚基S1 Q15904 细节 整合素αx P20702 细节 苷酶 P16278 细节 白细胞介素-6受体亚单位β P40189 细节 免疫球蛋白重常量γ 3 P01860 细节 Angiopoietin-related蛋白3 Q9Y5C1 细节 淋巴管内皮透明质酸受体1 Q9Y5Y7 细节 细胞外超氧化物歧化酶 P08294 细节 HLA I类组织相容性抗原，C α链 P10321 细节 Arylacetamide脱乙酰酶 P22760 细节 小鼠抗原 Q5ZPR3 细节 Asialoglycoprotein受体1 P07306 细节