建模的聚(ADP-ribose)聚合酶(PARP)抑制剂。工作对接的配体和定量构效关系分析。

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Costantino G, Macchiarulo Camaioni E, Pellicciari R

建模的聚(ADP-ribose)聚合酶(PARP)抑制剂。工作对接的配体和定量构效关系分析。

J地中海化学。2001年11月8日,44 (23):3786 - 94。

PubMed ID

11689065 (在PubMed

]

文摘

聚ADP-ribose polymerase-1 (PARP-1)是核酶,最近已成为一个重要的机制导致缺血后神经元死亡,和PARP抑制剂已经被提议作为潜在的神经保护药物。目的是澄清负责PARP抑制的结构的基础上,我们进行了计算研究46抑制剂可以通过文学。我们的计算方法是由三部分组成的。在第一个,代表PARP抑制剂已停靠到PARP的催化域的晶体结构使用Autodock 2.4程序。对接研究从而进行提供了一个调整方案已经帮助了叠加所有剩下的抑制剂。在这个调整方案的基础上,定量结构活性关系(构象)分析后进行了静电和立体交互能量与受体计算程序。构象分析产生一个预测模型能够解释的方差的46-compound数据集。定量构效关系系数的检验表明,有效的抑制的主要驱动力是由扩展之间的接触表面酶和抑制剂而静电能量和氢键能力扮演一个次要角色。最后,定量构效关系系数的投影回PARP的催化域的x射线结构提供了洞察特定氨基酸残基所扮演的角色。这些信息将有助于解决新的选择性和强有力的PARP抑制剂的设计。

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绑定属性

药物	目标	财产	测量	pH值	温度(°C)
3-Methoxybenzamide	保利(ADP-ribose)聚合酶1	集成电路50 (nM)	17000年	N /一个	N /一个	细节
6-AMINO-BENZO [DE] ISOQUINOLINE-1 3-DIONE	保利(ADP-ribose)聚合酶1	集成电路50 (nM)	180年	N /一个	N /一个	细节