大规模的应用高通量分子力学与Poisson-Boltzmann表面积protein-ligand复合物的常规基于物理得分。

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布朗SP,西南地应用

大规模的应用高通量分子力学与Poisson-Boltzmann表面积protein-ligand复合物的常规基于物理得分。

J医学杂志。2009年5月28日,52 (10):3159 - 65。doi: 10.1021 / jm801444x。

PubMed ID

19385614 (在PubMed

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文摘

我们应用高通量分子力学的公式与Poisson-Boltzmann表面积(htMM-PBSA)估计相对绑定的效能在308年的一组小分子配体与蛋白质复杂的尿激酶,PTP-1B, Chk-1。我们观察统计上显著的相关实验测量的效能并报告相关系数为0.72 - -0.83范围的三种蛋白质。htMM-PBSA计算说明基于物理的过程自动化的可行性评分计算生产rank-ordered binding-potency protein-ligand复合物,估计有足够的吞吐量为实现实际实现在一个工业药物发现研究科学家工作流设置。必威国际app

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绑定属性

药物	目标	财产	测量	pH值	温度(°C)
(2)- Oxalyl-Amino 4、5、6, 7-Tetrahydro-Thieno [2, 3 c] Pyridine-3-Carboxylic酸	酪氨酸受体磷酸酶non-receptor 1型	Ki (nM)	50118.72	N /一个	N /一个	细节
2 - [(7-HYDROXY-NAPHTHALEN-1-YL) -OXALYL-AMINO]安息香酸	酪氨酸受体磷酸酶non-receptor 1型	Ki (nM)	25118.86	N /一个	N /一个	细节
2 - [{4 - [(2 s) 2 - {((Allyloxy)羰基)氨基}3 - ({4 - [3-hydroxy-2 - (methoxycarbonyl)苯氧基]丁基}氨基)3-oxopropyl]苯基}(carboxycarbonyl)氨基)苯甲酸	酪氨酸受体磷酸酶non-receptor 1型	Ki (nM)	125.89	N /一个	N /一个	细节
2 - {[4 - (2-Acetylamino-2-pentylcarbamoyl-ethyl) -naphthalen-1-YL] -oxalyl-amino}安息香酸	酪氨酸受体磷酸酶non-receptor 1型	Ki (nM)	630.96	N /一个	N /一个	细节
5 - (2-Fluoro-5 - {(1 e) 3 - [3-hydroxy-2 - (methoxycarbonyl)苯氧基]1-propen-1-yl}苯)1,2-oxazole-3-carboxylic酸	酪氨酸受体磷酸酶non-receptor 1型	Ki (nM)	6309.57	N /一个	N /一个	细节
(6)- N-Phenylcarbamyl 2-naphthalenecarboxamidine	Urokinase-type纤溶酶原激活物	Ki (nM)	630.96	N /一个	N /一个	细节
6 - [(Z)氨基(亚氨基的)甲基]- n - [3 - (CYCLOPENTYLOXY)苯基]2-naphthamide	Urokinase-type纤溶酶原激活物	Ki (nM)	25.12	N /一个	N /一个	细节
6 - [(Z)氨基(亚氨基的)甲基]- n -[4 -(氨甲基)苯基]4 - (Pyrimidin-2-Ylamino) 2-naphthamide	Urokinase-type纤溶酶原激活物	Ki (nM)	0.631	N /一个	N /一个	细节
6 - [N - (1-Isopropyl-1 2 3, 4-Tetrahydro-7-Isoquinolinyl)氨基甲酰)2-naphthalenecarboxamidine	Urokinase-type纤溶酶原激活物	Ki (nM)	25.12	N /一个	N /一个	细节
6 - [N - (1-Isopropyl-3 4-Dihydro-7-Isoquinolinyl)氨基甲酰)2-naphthalenecarboxamidine	Urokinase-type纤溶酶原激活物	Ki (nM)	50.12	N /一个	N /一个	细节
6 - [N -(4 -(氨甲基)苯基)氨基甲酰)2-naphthalenecarboxamidine	Urokinase-type纤溶酶原激活物	Ki (nM)	39.81	N /一个	N /一个	细节
6 - [N - (4-Ethyl-1 2 3, 4-Tetrahydro-6-Isoquinolinyl)氨基甲酰)2-naphthalenecarboxamidine	Urokinase-type纤溶酶原激活物	Ki (nM)	6.31	N /一个	N /一个	细节
7-Methoxy-8 - [1 - (Methylsulfonyl) 1 h-pyrazol-4-yl] Naphthalene-2-Carboximidamide	Urokinase-type纤溶酶原激活物	Ki (nM)	630.96	N /一个	N /一个	细节
(8)- Pyrimidin-2-Ylamino Naphthalene-2-Carboximidamide	Urokinase-type纤溶酶原激活物	Ki (nM)	31.62	N /一个	N /一个	细节
阿米洛利	Urokinase-type纤溶酶原激活物	Ki (nM)	2511.89	N /一个	N /一个	细节
化合物5,2 - (Naphthalen-1-Yl-Oxalyl-Amino) -Benzoicacid	酪氨酸受体磷酸酶non-receptor 1型	Ki (nM)	158489.32	N /一个	N /一个	细节
(Trans-6) - 2-Phenylcyclopropyl -Naphthalene-2-Carboxamidine	Urokinase-type纤溶酶原激活物	Ki (nM)	1258.93	N /一个	N /一个	细节