机制的不同亲和力的大肠杆菌tRNAGln glutaminyl-tRNA合成酶noninterface核苷酸在变量循环造成的。

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山崎裕年代,中村年代,田农T,清水K

机制的不同亲和力的大肠杆菌tRNAGln glutaminyl-tRNA合成酶noninterface核苷酸在变量循环造成的。

Biophys j . 2007年1月1;92 (1):192 - 200。Epub 2006年10月6日。

PubMed ID

17028132 (在PubMed

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氨酰合成酶(ars)区分同源转运rna从许多其他种类的图示,尽管非常相似的三级结构的图示。许多研究人员已必威国际app经支持这个观点识别是通过分子间相互作用tRNA与农业研究所。然而,大肠杆菌谷氨酰胺寡核苷酸适配子的特定的tRNA, var-AGGU,有较高的亲和力比野生型ARS,尽管序列的区别只在于变量循环位于对面ARS的绑定接口。要理解亲和力的差异的原因,我们做分子动力学模拟与ARS转运rna及其复合物。我们计算了向左反应结合自由能和熵的贡献与分子mechanics-Poisson-Boltzmann /表面积方法和发现的差异中扮演一个重要的角色在结合自由能的差异。在分子动力学模拟中,氢键的动态重组发生在野生型tRNA的三级核心区域,而他们没有观察到在自由var-AGGU模拟。自内部流动与ARS压制在复杂地层,野生型中的熵损失大于适体。我们因此得出结论,序列差异变量循环造成的差异的内部流动三级核心区域转运rna并导致的差异ARS通过熵的亲和力。

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