熔化的球状体状态的表征retinol-binding蛋白质使用分子动力学模拟方法。

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琼斯奶嘴E,格林LH, RM,史密斯LJ

熔化的球状体状态的表征retinol-binding蛋白质使用分子动力学模拟方法。

2月j . 2005年9月,272 (18):4826 - 38。

PubMed ID

16156801 (在PubMed

]

文摘

Retinol-binding蛋白质传输视黄醇,循环在等离子体与蛋白质大分子复杂转体基因。在酸性条件下retinol-binding蛋白质发生熔滴的过渡状态,和释放视黄醇配体。有偏见的分子动力学模拟方法被用来生成模型的合奏矫形器填充在熔化的球状体状态。模拟矫形器,回转半径至少大于1.1的原生状态,包含平均37%的β褶板二级结构。在这些矫形器的中部地区两个正交β折叠组成beta-barrel在本机蛋白质非常持久。然而,有相当大的波动的残留外区域的β折叠,包装和大型侧链的变化甚至在蛋白质核心。重要的构象变化的模拟矫形器对残留85 - 104 (beta-strands E和F和E-F循环)。这些变化给retinol-binding网站的开放。与实验数据的比较表明,这个地区的演变可能提供一种机制,通过这种机制的复杂retinol-binding蛋白质和转体基因电离之后,和视黄醇被释放在细胞表面。

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